Zastávky jsou podle návrhu rozděleny do tří skupin podle významu pro dopravu v Praze. Celkem je na seznamu 29 nových míst.
V první skupině je jich 13. Mezi nimi například Běchovice, která vznikne v rámci modernizace trati. Ta by měla přinést vznik nových zastávek i Zahradním Městě a v Edenu. Zrušena má být nynější zastávka ve Strašnicích. Naopak nově se počítá se zastávkou na Výtoni v Podskalí. Její výhodou bude napojení na tramvajovou dopravu a nedaleké metro B na Palackého náměstí. Mohli by ji využívat i turisté, protože je v blízkosti několik památek včetně Vyšehradu.
V rámci rozvoje železnice by pak některé nevznikly zcela nově, ale ty existující by se posunuly. To se týká například Velké Chuchle a Jinonic, které se přiblíží k zástavbě.
Do druhé skupiny jsou pak zahrnuty plánované zastávky v Liboci, Čakovicích nebo ve Kbelích, kde má být nová zastávka Praha-Nouzov.
V poslední, třetí etapě má pak vzniknout dalších sedm zastávek, a to mimo jiné v Michli, na Spořilově nebo v Radlicích.
„Zřízení dalších zastávek přirozeně vnímáme pozitivně. Umožňují vyšší zapojení železniční dopravy v rámci pražské dopravy. Již nyní využívá železniční dopravu na území metropole denně kolem 100 tisíc cestujících,“ uvedl mluvčí drah Petr Šťáhlavský.
Kdy by ale mohly začít nové zastávky vznikat, není zatím jasné, stejně tak jako fakt, kdo by jejich zřízení měl financoval. Zastávky buduje Správa železniční dopravní cesty (SŽDC), která je pak i jejich vlastníkem. Loni vznikly v metropoli nově zastávky například na Kačerově a v Podbabě.