O možném propojení obou městských příspěvkových organizací se v Praze poprvé začalo mluvit v roce 2008. Magistrát přitom vycházel z auditu botanické zahrady. Motivací byly především úspory. Botanici tehdy hlasitě protestovali. Spojení by podle nich znamenalo útlum odborné činnosti zahrady, která na poli botaniky slaví mezinárodní úspěchy.
Úvahy se znovu objevily v létě po nečekaném odvolání dlouholeté ředitelky botanické zahrady Věry Bidlové. Radní se při rozhodnutí odvolávali na výsledky kontroly, která údajně zjistila chyby v hospodaření zahrady. Podle některých informací týkaly mimo jiné oprav skleníku Fata morgana. Bidlová výtky odmítla. Zahrada je už několik měsíců bez ředitele. Nového by rada měla vybírat v únoru.
Botanickou zahradu v Troji ročně navštíví 300.000 návštěvníků. Podle schváleného rozpočtu letos za provoz zaplatí skoro 74 milionů korun. Zoologická zahrada se s rozpočtem ve výši stovek milionů těší nejvyšší návštěvnosti v Praze vůbec. Vloni padl návštěvnický rekord. Do zoo dorazilo 1,38 milionu lidí.