"Díky včasnému postavení protipovodňových bariér a uzavření stanic metra nebyla žádná stanice zatopena a došlo jen k vyšším než běžným průsakům ve stanici Nádraží Holešovice," uvedl mluvčí podniku Petr Vorlíček. První uzávěrka metra a montáž protipovodňových opatření začala v neděli 2. června. Standardní doprava metra byla obnovena 9. června. "Tedy necelý týden po kulminaci Vltavy, která 4. června dopoledne dosahovala nejvyššího průtoku 3210 metrů krychlových za sekundu," uvedl mluvčí.
I přes omezený provoz se během povodní přepravovalo pražskou hromadnou dopravou asi 3,2 milionu cestujících denně; běžný průměr je 3,3 milionu lidí denně. Dopravní podnik zavedl během povodní náhradní autobusovou dopravu XC a náhradní tramvajovou dopravu XA a XB, některé tramvajové linky změnily svou trasu. V ulicích Prahy bylo během záplav na 80 dopravních informátorů, dopravní podnik vydal 200 tisíc infoletáků a map s aktuálními dopravními omezeními a web dopravního podniku navštívilo denně až půl milionu lidí, když běžný průměr je 60 tisíc návštěv.