Místní rolník a lidovecký poslanec Národního shromáždění Josef Šamalík nejprve 16. června 1923 objevil samostatnou dutinu v Balcarově skále, pro svou specifickou barvu později pojmenovanou jako Popeluška.
S nástupem zimy si pak povšiml roztátého sněhu v malém závrtu na vrcholu skály. „Po postupném uvolnění ucpávky se mu podařilo proniknout do hlavních prostor Balcarky. Jako datum objevu uvedl 22. února 1924. V dalších měsících podnikl Šamalík objevné prostupy do dalších prostor. Postupně objevil Wilsonovy rotundy, dóm Zkázy a Fochův dóm,“ popsala vedoucí jeskyně Balcarka Eva Hebelková.
Do zmíněné doby byl znám jen nevelký vstupní jeskynní portál v Balcarově skále. Ten odkryl cenné archeologické nálezy z období paleolitického osídlení – v roce 1869 tam badatel Jindřich Wankel nalezl opracované kameny a kosti či pozůstatky ohnišť. Dnes v tomto portálu začíná prohlídkový okruh jeskyní.
Na začátku roku 1935 objevil Šamalík další krásně zdobené prostory, dnešní Galerii a Přírodní chodbu. „Jubilejní dómy Masarykovy“ byly po úpravách přidány 15. června 1935 do návštěvnické trasy. V 50. letech 20. století byla trasa a elektroinstalace rekonstruována. V roce 2001 přibyl nový vstupní areál s moderním vybavením komplexními službami pro návštěvníky.
„V letech 2008 a 2009 byly v jeskyni rekonstruovány chodníky, lávky, elektroinstalace a osvětlení. Odkaz objevitele Šamalíka se snaží průvodci Balcarkou předávat současným návštěvníkům,“ dodal ředitel Správy jeskyní ČR Milan Jan Půček.