Jednobuněčná a prostorová transkriptomika generuje komplexní datové soubory, většina výzkumníků však pro jejich analýzu stále kombinuje různé nesourodé nástroje, píše vlastní skripty, exportuje data mezi jednotlivými platformami a ztrácí týdny času manuálním zpracováváním. iSCanGuide tento problém překonává díky jednotnému prostředí s GPU akcelerací, které zkracuje dříve týdny trvající procesy na pouhé minuty a vychází ze stejných validovaných vědeckých výsledků jako platforma pro analýzu signálních drah Advaita, které důvěřuje více než 13.000 výzkumníků z celého světa.
„Výzkumníci se topí v datech a hladoví po poznání," uvedl generální ředitel společnosti Advaita Bio Mike Mattacola. „iSCanGuide zkracuje jejich zpracování – od počítání matic k anotovaným typům buněk, prostorovému kontextu a analýze mechanistických drah – z dřívějších týdnů na pouhé minuty, a to vše na jedné platformě."
Klíčové funkce a kompatibilita:
- Interakce v reálném čase: Zero-code grafické rozhraní (GUI) s více režimy navigace je dostatečně přístupné pro nové uživatele i dostatečně výkonné pro expertní analýzu.
- Standardizované workflow podle osvědčených postupů: Díky standardizovaným a ověřeným analytickým postupům zajišťuje reprodukovatelnost a konzistenci napříč experimenty v oblasti jednobuněčné a prostorové transkriptomiky.
- Analýza jednobuněčné transkriptomiky: Nativně podporuje výstupy .h5ad, .h5, 10x CellRanger a ParseBio, což umožňuje interaktivní a iterativní analýzu od počáteční kontroly kvality a filtrování přes shlukování, anotace a analýzu trajektorií, s flexibilními pracovními postupy, které se přizpůsobí vašim datům v každé fázi.
- Analýza prostorové transkriptomiky: Mapujte genovou expresi v jejím nativním tkáňovém kontextu s plnou podporou 10x Genomics Visium (Standard/HD) a Xenium. Vizualizujte prostorové rozložení buněk a identifikujte prostorově variabilní geny – to vše ve stejném prostředí, které se používá pro sekvenování RNA jednotlivých buněk, bez nutnosti exportu dat.
- Integrované frameworky: Přímé napojení na proprietární metodiku Impact Analysis v iPathwayGuide™ pro analýzu mechanistických drah v rozlišení na úrovni jednotlivých buněk – propojení anotace typů buněk s biologickou interpretací na úrovni drah v rámci jediného workflow.
- Analýza mezibuněčné komunikace: Zachyťte sítě mezibuněčného signálování díky identifikací interakcí ligand-receptor a komunikačních vzorců napříč typy buněk – odhalte, jak buňky koordinují své chování v rámci svého přirozeného tkáňového prostředí.
„Pro jednobuněčnou a prostorovou analýzu byla až dosud charakteristická roztříštěnost – příliš mnoho nástrojů, příliš mnoho parametrů a žádná návaznost mezi clusteringem a biologickou interpretací. Strmá křivka učení znamená, že pokaždé, když odejde analytik, odchází s ním i klíčové know-how, a sdílení výsledků je složitější, než je nezbytné," uvedl zakladatel a vědecký ředitel společnosti dr. Sorin Draghici. „iSCanGuide to vše nahrazuje jedinou platformou, která s výzkumníky prochází celým procesem – od počítání matic k pochopení mechanistických drah, to vše s použitelným výchozím nastaveními, možností sdílení jedním kliknutím a uchováním všech nastavení. Platforma je přímo propojena s proprietární metodikou Impact Analysis od iPathwayGuide, takže celý pracovní postup trvá místo týdnů jen několik minut." Pro více informací o iSCanGuide navštivte naše webové stránky.
O společnosti Advaita Bio
Společnost Advaita Bio vyvíjí software na bázi umělé inteligence pro analýzu signálních drah, interpretaci variant a analýzu jednotlivých buněk. Platforma, které důvěřuje více než 13.000 výzkumníků a která se opírá o téměř 20.000 recenzovaných citací, je postavena na dvou desetiletích vědecky ověřených algoritmů a poskytuje biologické poznatky, které konvenční nástroje nedokážou poskytnout.
Kontakt pro média: pr@advaitabio.com
Logo: https://mma.prnewswire.com/media/2974032/Advaita_Logo.jpg
