Některé údaje o nákladech na stavby a opravy výběhů či pavilonů není podle zoologické zahrady možné dohledat. "Jde především o investice před rokem 2002, kdy většinu dokumentů odnesla ničivá povodeň," uvedl mluvčí zoo Michal Šťastný. Z toho období zahrada uvedla jen jednu větší investici, a sice 45,5 milionu korun za pavilon šelem.
Po povodních následovalo období rozkvětu
Velká voda znamenala pro zoo ničivou ránu, zahynuly při ní desítky zvířat a způsobila obrovské škody na majetku. Následovalo ale období rozkvětu a investic v řádu stovek milionů. Třeba pavilon indonéské džungle vyšel na 170 milionů, oprava historických Gočárových domků 37,5 milionu korun. Do pavilonu pro lachtany investovala zahrada 44,5 milionu a rekonstrukce povodní zasažené expozice šelem stála přes 25 milionů korun.
Zahrada, která se rok od roku těší stále větší návštěvnosti, dostává od Prahy ročně částku blížící se 100 milionům korun. Nejpodstatnější částí příjmu je ale vstupné, na kterém zahrada v roce 2011 vydělala 131,7 milionu korun. V příštích pěti letech chce zoo investovat zhruba 472 milionů korun, z toho Praha zaplatí kolem sta milionů korun, zbytek bude zahrada financovat sama. Nejvíce peněz půjde na přestavbu pavilonu savců, vyžádá si bezmála na 250 milionů korun. Velkou investicí bude také pavilon velemloků a expozice severských zvířat.