Letadla budou během prací vzlétat a přistávat na vedlejší dráze. Provoz na ní obtěžuje hlukem obyvatele šesté městské části, proto ji letiště využívá jen výjimečně.
Letiště bude hlavní dráhu uzavírat a využívat vedlejší dráhu vždy od 7.30 do 18.30 hodin. Podle zkušeností by měla většina letadel vzlétat směrem na severozápad, tedy na Kladno. Konkrétní směr startu však závisí na aktuálním směru větru. Při převládajících severozápadních větrech by letadla měla přistávat zejména ve směru od Řep.
Hlavní přistávací dráha je dva roky po generální rekonstrukci, během níž byl kompletně vyměněn povrch. Zatímco nyní je odstávka hlavní dráhy plánována na tři dny, před rekonstrukcí, která pražské letiště vyšla na 520 milionů korun, odstávka dráhy trvala i dva týdny.
