Když se přitom Bém stal v listopadu 2002 novým pražským primátorem, považovala to veřejnost za dobré znamení. Před tehdy devětatřicetiletým Bémem, který jako lékař získal slušné renomé a ani jeho předchozí čtyřleté působení v čele radnice Prahy 6 nebylo neúspěšné, tehdy stál náročný úkol, dát do pořádku město poničené katastrofálními povodněmi. Obnova dopravy nebo postižených čtvrtí se sice podařila, působení Pavla Béma v čele magistrátu ale dodnes vyvolává rozpaky.
Spíše než na opravu zatopeného metra nebo revitalizaci těžce zasaženého Karlína si totiž lidé v souvislosti s Bémem vybaví podezřelé obchody, údajně nevýhodné smlouvy, prodražující se výstavba tunelu Blanka nebo nepovedený projekt opencard. Bývalý primátor, který funkci opustil na podzim 2010, ale kritiku odráží a odmítá, že by na rozhodování hlavního města v jeho éře měli vliv lobbisté. V souvislosti s Bémem se objevuje zejména jméno podnikatele Romana Janouška.
Kamarád z tenisu tahal v Praze za nitky
Bém sice tvrdil, že Janoušek je pouze "kamarád, se kterým hraje tenis", odposlechy z roku 2007, které loni na jaře zveřejnila Mladá fronta Dnes, ale naznačují, že Janoušek měl na rozhodování magistrátu pod vedením Pavla Béma výrazný vliv. Bém, který se v květnu 2010 dostal do Poslanecké sněmovny, na zveřejnění přepisů reagoval žádostí o pozastavení členství v ODS. Jako nezařazený poslanec působil deset měsíců, letos v lednu se do strany vrátil.
Telefonáty s Janouškem ale nejsou jediné sporné věci z let, kdy stál Pavel Bém v čele hlavního města. Například již v roce 2003, kdy ODS na magistrátu vládla s ČSSD a primátorovým ekonomickým náměstkem byl Jiří Paroubek, město podle kritiků nepříliš výhodně prodloužilo smlouvu s firmou Incheba na pronájem holešovického Výstaviště. Mezi kritizované transakce patří také pronájem Škodova paláce, nového sídla magistrátních úředníků v Jungmannově ulici.
Podrobnosti většiny kauz, spojovaných s Bémem, ale vypluly na povrch až poté, co na podzim 2010 magistrát opustil a začal působit jako řadový poslanec. O čtyři roky dříve, po prvním volebním období v čele magistrátu, přitom Bémova politická hvězda stoupala. Komunální volby v říjnu 2006 jím vedená ODS v hlavním městě drtivě vyhrála a ovládla magistrát sama. Do té doby koaliční sociální demokraté ale přesto obsadili řadu míst například v městských firmách.
Na podzim 2006 se Pavel Bém stal místopředsedou ODS a o dva roky později, po debaklu občanských demokratů v komunálních a senátních volbách, dokonce kandidoval proti Mirku Topolánkovi na šéfa strany. Ovšem neúspěšně. Neshody s Topolánkem, ale třeba i Bémova mnohatýdenní nepřítomnost na magistrátu kvůli výpravě na Mount Everest na jaře 2007 (loni zdolal horu K2) nebo změna názoru na Kaplického návrh nové budovy Národní knihovny, ale vyústily v pokles jeho vlivu i popularity mezi voliči.
Bém je odborník na léčbu drogově závislých
Před vstupem na magistrát přitom patřil odborník na léčbu drogově závislých Bém k populárním tvářím českého veřejného prostoru. Pozornost vzbudil v roce 1995 sporem s šéfem úřadu vlády a později Bémovým předchůdcem v čele Prahy Igorem Němcem, který jej odvolal z čela Meziresortní protidrogové komise kvůli příliš liberálním postojům. Poté Bém radil ministru vnitra a v roce 1997 se do komise vrátil. Do politiky vstoupil na podzim 1998, kdy se stal starostou Prahy 6.
