Projekt na lanovou dráhu pro zoo vznikl již od roku 1962, kdy byly navrženy trasy tři (druhá lanovka měla vést po obvodu zoo a třetí přes Vltavu k výstavišti). Výstavba pak trvala sedm let. V roce 1978 byl ale její provoz kvůli technickým nedostatkům zastaven.
Opět se návštěvníci zahrady lanovky dočkali v roce 1981. Při povodni v srpnu 2002 dosahovala voda z Vltavy v dolní stanici až do výše 7,1 metru. Po povodni bylo zcela vyměněno elektrické zařízení lanovky. V současnosti funguje od dubna do října. Denně přepraví v průměru asi 1400 až 1800 lidí.
